Сотрудники ЦКП «Филогеномика и транскриптомика» прошли обучение на базе «Синтол»

С 7 по 9 апреля ведущие инженеры научно-образовательного центра коллективного пользования «Филогеномика и транскриптомика» Милена Бабич и Наталья Гусар прошли интенсивный обучающий курс «Секвенирование и генотипирование ДНК» на базе одного из ведущих российских разработчиков генетического оборудования — компании ООО «НПФ Синтол».

Программа школы охватила цикл молекулярно-генетических исследований с применением сиквенсного и фрагментного анализа и была разделена на три тематических блока:

1 Подготовка образцов: отработка методов выделения и очистки ПЦР-продуктов, а также высокоточное измерение концентрации ДНК на флуориметре QUBIX;

2 Секвенирование по Сэнгеру: участники изучили теорию и практику работы на отечественном генетическом анализаторе «Нанофор 05», включая калибровку прибора, запуск капиллярного электрофореза и последующий анализ данных в специализированном программном обеспечении;

3 Фрагментный анализ ДНК: особое внимание было уделено детекции генетических полиморфизмов на примере анализа ТА-повторов в промоторной области гена UGT1A1 набором реагентов «Синдром Жильбера» и интерпретации результатов с помощью программы GeneMarker после капиллярного электрофореза на Нанофор 05.

Обучение позволило специалистам ФИЦ ИнБЮМ не только актуализировать знания в области секвенирования, но и разобрать нюансы технического обслуживания при работе с молекулярно-генетическим оборудованием.

«Участие в такой школе — в первую очередь, возможность отточить практические навыки работы на сложном оборудовании. Детальный разбор всех этапов, от подготовки проб до обработки данных после секвенирования, позволяет минимизировать риски в ежедневной лабораторной практике и значительно повысить чистоту получаемых данных для дальнейших исследовательских работ», – сообщила Милена Бабич

В свою очередь, Наталья Гусар отмечает: «Самым важным итогом обучения для нас стало понимание, как получать «читаемые» хроматограммы без шума. Всё решается на этапе подготовки: очистка на магнитных частицах кардинально снижает фоновый сигнал при капиллярном электрофорезе. Также мы подробно разобрали типичные ошибки, которые могут возникать в ходе секвенирования, их диагностику по хроматограмме и способы коррекции, вплоть до правил редактирования финальной последовательности. Это значительно повышает надёжность наших молекулярно-генетических данных. Дополнительно освоили фрагментный анализ на примере детекции ТА-повторов с последующей интерпретацией полученных результатов. Это расширяет спектр задач, которые мы можем решать на оборудовании нашего центра»

Справочно:

- ЦКП «Филогеномика и транскриптомика», оснащённый современным оборудованием для широкого спектра генетических исследований, заработал на базе Института биологии южных морей в апреле 2023 года. В 2024 г. в ЦКП был запущен первый отечественный полногеномный секвенатор ДНК «Нанофор СПС», который совместно разработали

специалисты Института аналитического приборостроения РАН и компании «Синтол». До этого такие установки выпускались исключительно в США и Китае;

- С помощью прибора учёные выполняют автоматизированное определение последовательности нуклеотидов в цепи ДНК, то есть секвенирование путём синтеза на отечественной реагентике. Технология полногеномного секвенирования ДНК на сегодняшний день является наиболее современным подходом для изучения генома биологических объектов, что открывает большие перспективы для понимания процессов, лежащих в основе функционирования и эволюции живых систем.