На протяжении всей истории Институт биологии южных морей имени А.О. Ковалевского сотрудничает с зарубежными учеными и исследовательскими центрами в Арктике, Антарктике, Белоруссии, Вьетнаме, Египте, Индии, Китае, Кувейте, Румынии, США, Турции, Финляндии, Швейцарии, ЮАР, Японии и других странах мира.
Международное сотрудничество позволяет учёным Института проводить исследования по всему миру, собирать и анализировать уникальный материал, обмениваться опытом с зарубежными коллегами.
Обширные возможности, которые предоставляют центры коллективного пользования ИнБЮМ привлекают всё больше учёных не только из России, но из-за рубежа.
ИнБЮМ приглашает коллег со всего мира к сотрудничеству в научных, образовательных и коммерческих проектах.
Научно-практический центр Национальной академии наук Беларуси по биоресурсам (г. Минск, Белоруссия)
Белорусский государственный университет (г. Минск, Белоруссия)
Даляньский университет морского хозяйства (г. Далянь, Китай)
Институт экологии и биологических ресурсов Вьетнамской академией наук и технологий (Ханой, Вьетнам)
Научно-исследовательский Центр Конакри-Рогбане (CERESCOR) (г. Конакри, Республика Гвинея)
Университет Алеппо (г. Алеппо, Сирийская Арабская Республика)
Университет Тишрин (г. Латакия, Сирийская Арабская Республика)
Университет Аль-Баас (г. Хомс, Сирийская Арабская Республика)
С 2018 г. сотрудники ФИЦ ИнБЮМ проводят исследования в рамках совместной исследовательской темы ФГБУН «Институт проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской Академии Наук» и Тропцентра – «Эколан Э» во Вьетнаме.
С 13 июля по 20 августа 2021 г., в рамках сотрудничества с университетом Акдениз (г. Анталия, Турция), на Факультете рыбного хозяйства прошла стажировку Белоусова Юлия Витальевна, м.н.с. отдела экологической паразитологии, тема совместных исследований - «Изучение гельминтов средиземноморских гидробионтов у побережья Анталии».
20 августа 2021 года ФИЦ ИнБЮМ вошел в состав Консорциума РАФУ «Российско-Африканский сетевой университет», стратегической целью которого является координация усилий по развитию российско-африканского сотрудничества в сфере образования и науки. В составе консорциума 12 ведущих ВУЗов РФ.
17 сентября 2021 года ФИЦ ИнБЮМ подписал соглашение о сотрудничестве, направленное на организацию совместных научных исследований с Научно-исследовательским центром океанографии Рогбане-Конакри (CERESCOR) в Республике Гвинея.
В сентябре 2021 г. ФИЦ ИнБЮМ вошел в состав рабочей группы по созданию Совместного российско–эфиопского центра биологических исследований.
В феврале 2022 г. ФИЦ ИнБЮМ принял группу иностранных студентов для участия в исследованиях в рамках проекта РФФИ 21-55-52001 «Сравнительный анализ структуры, функций и дифференциации экологических ниш в сообществе морского пикофитопланктона с/без цианобактерий Prochlorococcus в Восточно-Китайском и Чёрном морях», проводимого совместно с Министерством по науке и технологиям Тайваня.