- Отдел аквакультуры и морской фармакологии
- Отдел биотехнологии и фиторесурсов
- Отдел ихтиологии
- Отдел планктона
- Отдел радиационной и химической биологии
- Отдел физиологии животных и биохимии
- Отдел функционирования морских экосистем
- Отдел экологии бентоса
- Отдел экологической паразитологии
- Отдел экологической физиологии водорослей
- Лаборатория ландшафтной экологии и геоматики
- Лаборатория биоразнообразия и функциональной геномики Мирового океана
- Лаборатория проблем идентификации вида
- Лаборатория хемоэкологии
- Лаборатория экологической иммунологии гидробионтов
- Лаборатория экстремальных экосистем
- Лаборатория фотосинтеза и биооптики моря
Научно-исследовательские подразделения
- Отдел аквакультуры и морской фармакологии
- Отдел биотехнологии и фиторесурсов
- Отдел ихтиологии
- Отдел планктона
- Отдел радиационной и химической биологии
- Отдел физиологии животных и биохимии
- Отдел функционирования морских экосистем
- Отдел экологии бентоса
- Отдел экологической паразитологии
- Отдел экологической физиологии водорослей
- Научно-исследовательский центр геоматики
- Лаборатория биоразнообразия и функциональной геномики мирового океана
- Лаборатория популяционной биологии гидробионтов
- Лаборатория хемоэкологии
- Лаборатория экологической иммунологии гидробионтов
- Лаборатория экстремальных экосистем