Изучение биоразнообразия Чёрного и Азовского морей.
Исследование процессов функционирования и продуктивности экосистем Чёрного и Азовского морей, их трансформации под воздействием естественных факторов среды и антропогенной деятельности.
Радиохемоэкологические исследования.
Исследование фундаментальных и прикладных проблем генетики, биохимии, физиологии, популяционной биологии и экологии гидробионтов, морской гидробиологии.
Гидрологические и гидрохимические исследования.
Метеорологические наблюдения.
Гидрографические, геофизические, геологические исследования.
Обследование подводных археологических объектов, инженерных сооружений и магистралей.
Тестирование на судне новых образцов судового и научного оборудования, управляемых подводных аппаратов.
Организация мониторинга и оперативного контроля состояния биоты, прогноза изменения качества морской среды.
Разработка научных основ охраны природы, сохранения биологического и ландшафтного разнообразия на основе комплексных экспедиционных исследований экосистем Черного и Азовского морей.
Разработка и испытание систем и методов регионального мониторинга с целью оценки прогноза состояния окружающей природной среды, функционирования экосистем в условиях антропогенного воздействия.